市地税局特别提醒，单位缴存的公积金也属于税法规定的“工资、薪金所得”，但少数扣缴单位误以为只有工资单上列明的收入才是工薪所得，由于这部分公积金往往未列入工资单，如果在计税时又依据工资单收入扣除了这部分公积金，则视为重复扣除，存在税务风险。
比如：单位和个人分别缴存公积金200元，个人工资单列明应发4000元（未含单位缴存公积金200元）、实发3800元（扣除了个人缴存公积金200元），即其“工资、薪金所得”应为4200元（4000元加上单位缴存的公积金200元），因此应当在4200元基础上，而不是在4000元基础上税前扣除单位和个人缴存的400元公积金。
一般情况是不能重复缴纳公积金的，但是在职工新旧单位变动的过程中，可能会发生类似的情况，因为你12月中旬离开老单位前单位帮你缴纳12月份的公积金，新单位也会帮你补缴之前的公积金，会造成这种情况。
《住房公积金条例》规定，一个职工只有一个的住房公积金账号，即使工作单位变动引起转移也不会改变。如在同一单位重复给职工开设缴存账户或因历史遗留问题导致一个职工在单位有多个公积金账号的，需进行账户合并。办理该项业务时，须出具并户职工的个人身份证原件及复印件，住房公积金个人并户申请报告(报告载明单位名称、单位公积金专户账号、并户职工的个人姓名、个人身份证号、个人账号、阳光住房公积金卡号、个人账户余额及请求合并账户等内容，加盖单位行政公章)，交“中心”营业大厅用户部审批柜台办理。
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